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保元宮的歷史眾說紛紜，據清代史料《鳳山縣采訪冊》所載，保元宮創建於嘉慶 4年(西元1809年)，由林佐所募建的，原為坐南朝北之小廟，最初只奉祀保生大帝，至道光25年(西元1845年)重建為坐北朝南，目前保存的廟貌則是在民國五十年時重新改建的。
但根據康熙五十八（1719）年的「鳳山縣志」記載，大社區保元宮為大道公十處角頭之一。乾隆廿九年（1764）「重修鳳山縣志」記載：慈濟宮在興隆莊萬丹港口。創建舊，尋圮；乾隆廿八年（1764）重修。相傳海岸上漂流神像於此，鄉民立廟祀之，又一在縣署前大街（慈濟宮），一在興隆莊岐鳳，一在鳳山上莊，一在半屏山後勁，一在維新里竹仔港，．．．，一在觀音山大社，康熙年間鄉人募建。由此推論，保元宮在康熙時期即已存在。
廟裡有一塊道光年間的古匾額，寫著廟名「保元宮」。廟埕左側有一石碑，傳說是玄天上帝的磨劍石。老一輩表示，該處原有三塊石碑，後因整理廟埕，其中兩塊較矮的石碑被埋在地下，現今所見這塊石碑的確是用來磨神明的七星劍。但看碑上所刻的字依稀還可看到「‧‧奉本庄弟子‧‧‧不許‧‧‧違者罰」，可知其應為示禁碑，應該是清朝之物吧。
進入廟門內有一天井，天井的四個角落都有一隻鯉魚造形的排水口，非常的優美生動，可看出匠師的巧思與技巧，為一般廟宇所少見。天井旁的柱子纏繞著一棵小榕樹，根部並沒有生長在土裡，只利用天井上的光和露水就能長大，生命力驚人。
後方的兩面牆上，保存著道教「卅六官眾」畫像，畫中將軍、仙姑與道人的長相、姿勢不同，所持的武器與乘坐的「腳力」各異，看來相當生動、活潑，又極具民俗趣味。據廟內人員表示，原有的畫像早已剝落難辦，數年前由原鄉內聞人蘇先請人依著原圖重畫，修復而得原貌。
保元宮新廟興建工程於2005年4月29日凌晨3點動土，歷經10年工程，於2015年興建完竣，同年8月開始啟用。新建寺廟建築宏偉壯觀，氣勢非凡。
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